SD Santa Maria Sidoarjo melakukan pembiasaan pagi yang berbeda dari sekolah-sekolah lain. Dimasa pandemi covid-19 mengharuskan para siswa-siswi belajar jarak jauh dengan memanfaatkan jaringan internet. Meskipun belajar jarak jauh, pembiasaan pagi tetap dilakukan secara live streaming di channel youtube SD Santa Maria Sidoarjo pukul 07.15 – 07.45 WIB.
Pembiasaan pagi pada hari Senin, guru membacakan cerita untuk para siswa-siswi. Cerita yang dipilih berisi nilai-nilai yang positif. Nilai-nilai yang positif tersebut misalnya, jujur, peduli, rendah hati, bertanggung jawab, dan disiplin yang dapat direalisasikan dalam kehidupan sehari-hari. Pada hari Selasa, guru dan siswa-siswi bernyanyi bersama. Lagu-lagu yang dipilih yaitu lagu daerah, lagu rohani, dan lagu nasional. Pada hari Rabu, guru bersama para siswa-siswi melakukan meditasi selama 10 hingga 15 menit. Meditasi bertujuan untuk mempelajari cara merilekskan tubuh dan pikiran.
Pada hari Kamis, guru dan siswa-siswi bersama-sama membaca sebuah buku sesuai dengan tema yang ditentukan. Bisa buku cerita, ataupun buku tentang sains. Pembiasaan pagi pada hari Jumat adalah kegiatan senam dan pramuka. Pembiasaan pagi dilakukan guna untuk membentuk karakter para siswa-siswi. Diakhir pembiasaan pagi, guru selalu menyampaikan nasihat/kata-kata St.Angela kepada anak-anak, agar dapat mengintegrasikan ilmu, iman, dan nilai-nilai kemanusiaan yang nyata dalam kehidupan sehari-hari.